Недалёкое будущее. Большая часть поверхности Земли затоплена из-за катастрофического изменения уровня мирового океана. Нацуки Икаруга — парень, столкнувшийся с тяжёлыми обстоятельствами. Несколько лет назад в результате трагического инцидента он потерял мать и лишился одной ноги. Единственное, что у него осталось — старый корабль и батискаф, а также долги, которые он унаследовал от своей бабушки, профессора морской геологии Нонко Ятигусы. Чтобы расплатиться с долгами, Нацуки решает отправиться на поиски затонувшего здания, где работала его бабушка, ведь, по слухам, она хранила там драгоценности. Однако вместо богатств он находит капсулу со спящим внутри роботом-гуманоидом по имени Атри. После пробуждения Атри пообещала помогать Нацуки, как минимум до тех пор, пока не вспомнит последнее поручение, выданное её прошлой хозяйкой.