Однажды ночью Сатоши и его друзья смотрят на луну в ночном небе, когда Рокет-Дэн подкрадывается к ним сзади и похищает Пикачу!! Наши герои преследуют Рокет-Дана по лесу и в конце концов добираются до древних руин "армиллярной сферы". Там Сатоши и остальные видят, как небо взрывается, как никогда раньше! Три сферы плавают в темноте, а стены покрыты мистическими фресками. Слышно, как глубоко в темноте Пикачу зовет на помощь... смогут ли Сатоши и его друзья раскрыть тайны этой армиллярной сферы и вернуть Пикачу!?