Гамиланцы столкнулись с самым серьёзным испытанием за всю свою историю: их родная планета гибнет стремительными темпами. Чтобы спасти свой народ и переселить его на пригодную для жизни землю, Абердт Деслер притворяется покорным власти деспотичной планеты Галман, населённой расой, почти идентичной гамиланцам. Истинная же цель Деслера — захватить контроль над планетой и тем самым ускорить спасение своей нации. Однако едва гамиланцы начинают переселение, неизвестная и колоссальная сила атакует их и полностью искажает планету-близнеца — Искандар, родной мир королевы Старши. Тем временем Земля празднует триумф величественного космического линкора «Ямато» и его героического экипажа. Новое поколение многообещающих новобранцев присоединяется к «Ямато» и двум его новым кораблям поддержки под командованием Юки Мори и Сиро Санада Санады. Но не все согласны с прошлыми решениями капитана корабля, Сусуму Кодая. Во время шестимесячной учебной миссии «Ямато» и дипломатической встречи с гамиланцами экипаж узнаёт о недавней катастрофе, и, вопреки всем приказам, Сусуму Кодай направляет флот к Искандару, чтобы помочь выжившим беженцам.