Десять лет назад Нагатэ Таникадзэ отразил атаку Гауна и спас «Сидонию», последний дом человечества. С тех пор жители корабля наслаждаются мирной жизнью. В это спокойное время Цумуги Сирауи осознаёт свои чувства к Нагатэ, которого теперь прославляют как героя. Однако капитан Кобаяси всегда знала: пока где-то во Вселенной существуют Гауна, мир не может длиться долго. Близится последняя битва, от которой будет зависеть выживание всего человечества. Смогут ли в этом финальном сражении рыцари «Сидонии» спасти мир и защитить своих любимых?