В альтернативной вселенной девушки Фубуки, Юдати и Муцуки являются духами военных кораблей и субмарин времён Второй мировой войны. Однажды на землю из глубин морей вторгаются неизвестные враги, называющие себя Флотом глубокого моря. Большая часть водных территорий уже и так принадлежит им, но они заявляют о своём намерении захватить и сушу. На морскую базу, где девочки-корабли активно тренируются противостоять незваному врагу, прибывает Фубуки — корабль класса эсминец. С этого момента начинаются её приключения и противостояние врагу плечом к плечу с друзьями.