В технологическую эру, когда мир связывает чрезвычайно продвинутая интернет-сеть, люди взаимодействуют с единицами искусственного интеллекта Net Navi. Находясь в пределах специальных устройств PET, люди и Net Navi сосуществуют между реальным и кибер-миром, как друзья и союзники. Net Navi был разработан для различных задач, но чаще всего он используется для борьбы против вирусов и жуликов, которыми управляют преступные синдикаты. Пятиклассник Хикари Нэтто получает своего первого Net Navi под названием Мегамен, и эти двое становятся непобедимым дуэтом в нет-битвах. А позже Хикари, Мегамен и их друзья вступают в противостояние с теневой организацией.