Команда пиратов похищает Зеро [ウォーリアス・ゼロ], дабы заручиться силой его военного корабля, «Кария», и тем самым победить своего старого врага Харлока [キャプテン・ハーロック]. В это же самое время Харлок на странной грибной планете даёт своему другу Тотиро [大山トチロー] обещание, что защитит в его отсутствие находящуюся там лабораторию. Волею судеб Зеро, сбежавший от пиратов, но всё ещё преследуемый, попадает на эту планету и сталкивается там с Харлоком... Что же в итоге предпримут старые враги? Объединит ли их общая цель и дадут ли они отпор пиратам?