В 2059 году, спустя пятьдесят лет после Первой космической войны, показанной в оригинальной истории «Макросс», флот класса «Нью Макросс» под номером 25 — Macross Frontier — совершает сверхдальний перелёт через галактику к новому дому, который станет для его обитателей раем. Но на этом пути флот оказывается втянут в затяжную войну со странным противником, известным как Вайра. Macross FB7 — работа, приуроченная к тридцатилетнему юбилею франшизы «Макросс».