После того, как Мадока перестроила Вселенную, Хомура живет в мире, где ведьмы больше не рождаются. Но отчаяние людей все еще проявляется в существах, известных как призраки, с которыми и сражаются девочки-волшебницы. Хомура продолжает бороться со своим одиночеством после расставания с Мадокой.