В далёком будущем на человечество нападает инопланетная раса Мазонов, которая начинает истреблять людей. При этом земное правительство не принимает усиленных попыток борьбы за независимость, довольствуясь нынешнем положением. Так капитан Харлок вместе со своим экипажем и звездолётом «Аркадия» решает в одиночку веcти борьбу против инопланетных агрессоров, в частности Мазонов, которые исследовали землю в далёком прошлом и теперь считают её своей планетой.